肾积脓并发症主要有三方面：
一是引起全身系统的毒血症，导致感染性休克，
二是导致泌尿系统感染，
三是损害肾脏功能。
因为肾积脓如果没有进行早期彻底治疗，积脓越来越重，从而脓肿、脓液以及毒素进入到血液循环，会导致全身循环系统的感染。最严重的情况下，会导致感染性休克。
而如果肾积脓通过下行进入到肾盂、输尿管、膀胱、尿道，会引起整个泌尿系统感染，患者会存在尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症，肾积脓也会导致整个肾脏的感染，那么肾单位，肾损伤会产生。一旦肾盂积水越来越重，肾脓肿并未得到彻底治疗，长期以往会损害肾脏功能，最终形成无功能肾。上述都属于肾积脓产生的并发症。