出于医学的严谨性与安全性考虑，接种新冠疫苗后对接种乙脑疫苗有可能会存在影响。但是具体的不良反应，以及是否会对疫苗的防御功效产生不良影响，还有待大量的研究数据提供证明。
虽然二者不存在冲突问题，分别可以预防不同的疾病，但为了最大程度降低风险，尽量避免同期接种。乙脑疫苗接种之后不良反应比较少，接种部位可能会出现痛、热、红、肿等现象，还有部分患者会出现发热表现，通常1~2天左右就可以自行恢复。
而新冠疫苗接种之后一般也会出现上述不良反应，此外，还有可能出现身体乏力、头痛、恶心等情况。为确保两种疫苗都可以有效应用，接种的时间至少要间隔14天以上，才可以避免二者不良反应的叠加以及相互干扰所产生的不良影响。