绝大多数的卵巢巧克力囊肿没有什么危险，只是可能会出现进行性加重的痛经表现，而且可能会影响到女性的生育功能，会导致女性怀孕困难，甚至是出现继发性的不孕症。
但是由于卵巢巧克力囊肿它也是属于良性的病变，而且它已经确定不是恶性病变，所以一般对女性的生命不可能造成特殊的危险性。但是有一些女性可能卵巢巧克力囊肿特别大，所以很容易在剧烈的运动后，或者是同房刺激的时候出现破裂。
因此，建议如果确定卵巢巧克力囊肿已经超过5cm，最好是做手术将其摘除。