生长激素治疗矮小症会导致一系列的副作用的出现，这些副作用包括各个方面。
一、甲状腺功能减低。常在开始注射生长激素，2到3个月后发生。对于这种情况可以按需给予甲状腺激素来进行纠正。
二、糖代谢改变。长期大量应用生长激素，可能使矮小症患者发生胰岛素抵抗，会导致空腹血糖和胰岛素水平升高，但是在停用生长激素后，可自行恢复。
三、特发性、良性颅内压升高。生长激素会引起水钠潴留，并且个别矮小症患者在治疗后还会出现特发性颅内压升高以及外周水肿和血压升高的情况。
四、抗体产生。
五、股骨头滑脱坏死。之所以会出现这种情况，是因为骨骼在治疗后生长加速和肌力也逐渐增强，如果运动增多，很可能会引起股骨头滑脱以及无菌性坏死，会导致跛行。
六、注射局部红肿或皮疹。
七、诱发肿瘤的可能性。
一般情况下不会有事情，但是对于曾经有肿瘤，或者是有家属性肿瘤发生遗传倾向的患者，治疗时需要谨慎。