吃甲亢药是有副作用的，它可以引起粒细胞的减少。发生率大约在5%左右，严重者可以发生粒细胞缺乏，发生率在0.37%。主要发生在治疗后的2到3个月以内。当外周血白细胞低于3乘以10的9次方每升或者是中性粒细胞低于1.5乘以10的9次方每升的时候应当停药，由于甲亢本身也可以引起白细胞减少，所以要区分是甲亢引起的，还是吃甲亢药物引起的。
在治疗前和治疗后定期检查白细胞是必须的，如果发现有白细胞的减少，应该先使用使白细胞增生的药物。再一个可以引起皮疹发生率在2%到3%，可以先试用抗组胺的药物治疗皮疹严重的时候应该及时停药，以免发生剥脱性皮炎。还有中毒性的肝病发生率在0.1%到0.2%。多在用药后三周发生表现为变态反应性肝炎转氨酶的显著上升，肝脏穿刺可见片状的肝细胞坏死死亡率高达25%到30%。另外甲亢本身也有肝功的升高，所以在用药前需要检查基础等肝功能，从而更好的区别是药物引起的，还是甲亢本身引起的。