第一期，对于自身免疫性甲状腺炎会表现为甲亢的表现。甲亢主要会出现一些心慌、气短、汗出心动过速，这样的症状并且化验结果也是甲亢的一个表现伴有甲状腺球蛋白抗体以及甲状腺过氧化物酶抗体升高称之为自身免疫性甲状腺炎甲亢期，这时应该选择抗甲亢的药物进行治疗。
第二期，对于自身免疫性甲状腺炎表现为正常期，也就是甲状腺功能恢复到正常，但是两个抗体却表现的非常高。这时应该增强自身的免疫力，也可以吃一些药物来降低抗体，包括夏枯草口服液、百令胶囊、硒酵母片等药物。
第三期，对于自身免疫性甲状腺炎会表现为甲减期，也就是甲状腺功能会表现为甲减而抗体依然是升高的，这时也是终末期，是甲状腺炎最终的一个走向，表现为甲减的一些症状比较明显，这时应该抗加减进行治疗往往口服优甲乐进行治疗。