感染尼帕病毒后，目前并没有特效药物用于治疗，但是可以应用利巴韦林等抗病毒药物，来减少急性脑炎的死亡率。
如果出现扁桃体发炎的现象，需要积极采取对症处理。首先需要多喝温开水，服用牛磺酸颗粒等抗病毒药物，也可以适当吃病毒唑来改善症状，都有不错的治疗效果。其次，也可以应用奥司他韦颗粒进行治疗，能够有效将炎症消除。
感染尼帕病毒以后，还要严密监测血压、心率、体温、动脉血氧饱和度情况，并且给予持续性的低流量吸氧。