要区别生理性卵巢囊肿和巧克力囊肿，其实方法特别简单，就是通过多次检查彩超来判断，对于生理性卵巢囊肿的女性，常常都是在排卵期后出现，而在月经来潮后就会自然消失，所以可以在月经干净后直接复查彩超。
如果囊肿出现消失现象，那就是生理性的囊肿，但如果囊肿没有消失，那就可能是病理性的囊肿，但并不一定是卵巢巧克力囊肿。而卵巢巧克力囊肿的女性，不但囊肿一直存在，同时还会引起进行性加重的痛经表现，而且还可能会影响女性的生育功能，导致女性怀孕困难，甚至是出现不孕症现象。
同时检查彩超的时候，还会发现卵巢囊肿的囊壁比较厚，囊壁内的回声一般不是特别均匀。