阴道腔道化过程中受内外因素的影响，使阴道某一部分吸收受阻形成横隔。也有人认为，阴道壁组织或阴道粘膜下组织脱落阴道腔形成横隔。
阴道横隔中央可以有细孔，多发生在阴道上三分之一处。横隔无孔隙，为完全阴道横隔，极为罕见。这种情况会给患者身体带来很大的伤害：
第一、明显女性性生活，两层粘膜组织中间的间质内，可含丰富的胶原纤维及平滑肌，偶可混有终中肾样组织成分。完全先阴道横隔少见，多数在中间会有一个小孔，有时只能通过系细的探针。
第二、可能带来不孕症。阴道横隔与不孕，外阴阴道疾病引起的不孕占一部分。