引起男性阴茎有点痛的原因，一般为阴茎海绵体组织充血，阴茎海绵体组织充血后会压迫阴茎神经，从而导致阴茎疼痛，一般和阴茎受外力挤压或者频繁手淫，或者纵欲有关。可以做阴茎彩超检查，明确阴茎海绵体组织受损情况。
另外，当患有尿道炎后，会使尿道组织水肿、充血，这时也会压迫阴茎神经，引起阴茎疼痛。可以做尿常规检查明确，然后在医师指导下，积极服用抗生素消炎治疗。
部分患者是由于精索静脉曲张，引起阴茎供血不足导致的，此时通常会伴随阴茎硬度不佳症状。