马蹄肾是肾的一种先天性的畸形表现，大部分都没有临床的症状，也不会对性功能有影响，所以这种情况一般不需要特殊处理。
如果马蹄肾已经出现了结石或者感染或者表现为尿频尿急的症状，需要对症处理。如果不严重，没有必要通过手术的方法手术，创伤比较大，可以先进行抗生素的治疗。如果症状特别严重，甚至于已经出现了严重的肾衰竭的表现，这时候可以先进行马蹄肾的手术治疗。
手术治疗的目的就是恢复，肾脏正常的功能，饮食均衡，不要吸烟喝酒，不要吃辛辣油腻食物预防感染，所以大部分马蹄肾不需要处理。