药物流产和人工流产一样，对于身体都是有伤害的。
流产后宫颈口扩张，阴道持续出血约3-5天，此时容易发生生殖系统的逆行感染，尤其是流产后短时间内进行性生活、盆浴、游泳等这些行为的患者，导致出现阴道炎、子宫内膜炎、盆腔炎等，严重时导致盆腔脓肿、宫外孕或者不孕。
流产还会影响女性的子宫内膜，使子宫内膜变薄或者出现宫腔粘连，也会导致不孕，表现为月经量明显减少或者闭经。如果为宫腔粘连，则需要宫腔镜手术对粘连进行分离，所以目前没有生育要求的女性，一定要做好避孕措施，避免不必要的流产。