当感觉肛门瘙痒时，可以外用抗过敏或者止痒的药膏治疗，必要时可配合口服止痒药物治疗。
常见的可以引起肛门瘙痒的疾病为肛门湿疹，及肛门瘙痒症。肛门湿疹通常是由于肛门皮肤长期受到潮湿刺激引起的过敏反应，临床表现为肛周湿疹以及肛门瘙痒症。
肛周湿疹和肛门瘙痒症，都可以外用抗过敏或止痒的药物，进行治疗。瘙痒症顽固的，可以联合口服止痒药物治疗，同时要保持肛门干燥，禁止食用辛辣刺激性的食物。当伴有肛门皮肤破损时，禁止外用含有激素的药膏。