儿童扁桃体肥大最为主要的原因就是代偿性地增生肥大。
扁桃体属于机体的免疫器官，儿童时期孩子的其他免疫组织发育尚不完善，扁桃体作为机体的第一道防线，会出现代偿性地增生、肥大。一般在孩子10岁以后，其扁桃体周围的组织开始发育成熟，扁桃体的功能相对有所下降，这时扁桃体会逐渐由增生、肥大开始萎缩，逐渐恢复到正常，这种情况属于生理性的扁桃体肥大，无需进行特殊干预。
也可能是由于平时家长没能对孩子做好护理，导致孩子反复感冒，反复出现急慢性鼻咽炎，也会引起扁桃体肥大。
另外，与扁桃体相邻的鼻窦、鼻腔等器官产生慢性炎症反应，会对腺样体形成刺激，也会造成扁桃体肥大。