小儿癫痫的病因比较复杂，是一种神经系统综合征，通常分为继发性癫痫和原发性癫痫。
继发性癫痫主要是由于儿童在生长发育过程中，由于意外原因造成儿童脑功能或脑结构损伤，导致神经系统异常放电，较常见的有遗传代谢性疾病、中毒性脑病、先天性脑畸形、脑损伤及内分泌疾病等等。
原发性癫痫主要与遗传有关，儿童癫痫的病因可分为三类：特发性、症状性和隐源性。特发性癫痫是指除可能与遗传性癫痫的易感性有关外，没有其他原因可寻，主要是遗传性癫痫。症状性癫痫是指已知的脑病，包括脑损伤、缺氧性脑病等原因。