男性阴茎疼痛的常见原因是性过程中的损伤，跟性动作粗暴以及频繁手淫性行为有关，也不排除阴茎皮肤局部的感染，同时可伴随阴茎皮肤发红、肿大等异常，男性的前列腺炎以及尿路感染也可能导致阴茎部位疼痛。
为了明确疼痛的具体病因，需要结合性生活以及观察皮肤外观性状变化以及前列腺液、尿液常规化验检查。
轻微的损伤导致的疼痛可以暂时观察，在个体自身免疫作用下损伤逐渐修复，疼痛感觉即消失。皮肤感染或者是泌尿道、附属性腺体感染后的炎性疼痛，需要给以抗生素药物消炎治疗。