软腭癌的发病原因不明，可能和多种危险因素有关。
第一，软腭癌的发生和患者的免疫力有关，免疫力低下的患者患癌的风险较高。
第二，口腔内的各种有害刺激也会诱发软腭癌的发生，比如长期吸烟、饮酒，烟酒对软腭的黏膜细胞可以造成刺激发生癌变。软腭癌男性患者发病率高，可能和烟酒的刺激有关。
第三，有些患者发生软腭癌可能和内分泌的异常、遗传的因素有一定的关系。
第四，有些患者发生软腭癌可能是扁桃体癌的转移发生。