脑脓肿预后的后遗症主要是包括自己的偏瘫以及癫痫的反复发作。脑脓肿后都会引起高热、头疼呕吐、肢体偏瘫及癫痫发作，有时患者可能会伴有智力的低下及意识障碍等情况的发生。
脑脓肿的治疗上首先需要给予敏感的抗生素足量、足疗程的抗感染治疗，给予脱水利尿药物降低颅内压力、镇静止痛、营养神经药物治疗。
脑脓肿经过上述的综合性治疗后患者多半恢复良好，但因少数患者脑脓肿位置较深、散在多发不考虑手术治疗并进一步观察，可发生预后伴有肢体的偏瘫及癫痫发作等后遗症发生。