小便不通畅有刺痛的原因比较多，首先要了解病因。
如果是因为尿路感染引起，通常是因为大肠埃希菌、变形杆菌、支原体、衣原体等致病菌引起的。确诊后可以应用抗生素抗感染治疗，比如可以选择吃左氧氟沙星、环丙沙星、头孢克肟、头孢克洛等，这些抗菌素对上述的致病菌有较好的抑制作用。
如果是因为结石引起小便不通畅有刺痛，结石小于0.5mm的可以服用排石药物，比如排石颗粒、尿石通颗粒等，可以利尿通淋。再通过大量喝水，多做跳绳、爬楼梯等运动，促进结石通过排尿排出体外，可改善症状。