临床上两者的区别主要在于，囊虫病主要是由于患者食用了被猪肉绦虫污染的食物而导致，可以使患者出现多器官和组织的病变。同时还会导致精神系统，以及脑组织的症状。
因为病原体可以寄生在患者体内的多个部位。而包虫病主要发生于牧区，是由于患者感染了棘球绦虫引起，可以寄生在鼠、狗、马、羊、狐、狼等动物身上，患者感染之后大多数无症状。
病原体可以寄生在肺部、肝脏和皮下组织，并且可以形成脓包，容易出现破裂，最终导致大面积的感染。通常采取手术切除的方式，进行治疗。