肛门疼痛的原因比较多，和局部组织损伤、肛肠科病变、消化系统病变相关。如果患者有肛肠部位外伤，特别是穿刺伤，会导致疼痛症状出现。如果有肛交等不良性行为，也可能导致肛门组织损伤。
其次，则以肛肠科病变多见，例如痔疮、肛窦炎、肛管炎、肛裂、肛周脓肿等。这些病变会导致肛管黏膜水肿，患者排便时粪便刺激病变部位，从而出现肛门疼痛的症状。
最后，如果患者存在肠炎、肠结核、肠道肿瘤等病变，也可能导致肛管、肛门压力增大，出现疼痛情况。
因此，建议患者及早去医院检查，确诊病情再进行后续治疗。