习惯性流产导致的原因有很多，根据习惯性流产发生的时间，可以分为早期和晚期的习惯性流产。早期是指妊娠3个月内发生的，晚期是指妊娠3个月后发生的流产现象。
早期习惯性流产主要是和遗传因素、黄体功能不全、免疫系统异常、甲状腺功能减退等有关。遗传因素主要有近亲结婚、父母双方或是单方染色体异常。
晚期习惯性流产主要是和孕妇子宫颈内口松弛、子宫发育畸形等因素有关；也有可能是女性以前经常流产、刮宫等手术后就会引起子宫颈口的损伤，也容易引起习惯性流产。