直肠感染了HPV，主要就是吃抗病毒的药物。另外，就是可以适当地使用免疫调节的药物，主要的目的就是提高自身的抵抗能力，提高自身的免疫力，减少复发的情况。如果发生了细菌性感染的情况，需要同时使用抗生素药物进行对症治疗。如果有发生腹泻等肠道症状，还可以适当地使用止泻的药物进行对症治疗。
直肠如果感染了HPV，往往会有HPV病毒感染以后的疣体生长，也就是会存在尖锐湿疣的疣体。如果有尖锐湿疣的疣体，要及时地进行去除，主要的去除方法就是通过物理烧灼，或者是冷冻的方式去除。
另外，也可以考虑通过手术切除的方法进行治疗。如果去除之后，为了防止进一步发生细菌感染，患者可以考虑吃抗生素，主要的目的就是预防感染的发生。