隐睾会导致睾丸萎缩。隐睾可以导致很多并发症，其中睾丸萎缩是常见的并发症。隐睾发现的越晚，治疗的越晚，萎缩的程度越严重。
主要是隐睾导致了睾丸的生精细胞以及间质细胞发生病变，导致睾丸实质萎缩。在萎缩的过程中还可以导致睾丸失去生成精子的能力，引起男性的不育，还可以引起睾丸恶变，如果隐睾的位置越高、治疗的越晚，其发生恶变的几率越大。
所以对于隐睾的患者要及时治疗，在18岁之前发现隐睾可以行睾丸下降术，18岁之后发现隐睾只能行睾丸切除术。