预防小儿脑脓肿，首先要避免小儿反复出现感染性疾病，当出现感染性疾病时，要及时治疗，避免细菌大量繁殖进入血液，通过血脑屏障进入大脑，引发脑膜炎、脑炎而导致脑脓肿。
感染性疾病中的中耳炎、鼻窦炎、牙髓炎等，细菌还可以直接蔓延到达脑组织，存在引发脑脓肿的风险，所以及时控制这些部位的感染更加重要。
另外，头部外伤时，细菌直接进入脑组织引发感染，也是脑脓肿的常见病因。所以预防小儿脑脓肿，还要加强小儿的监护，避免头部外伤。