多囊肾可以通过超声检查，超声波检查可分为B超检查和彩超检查。
早期的多囊肾如果无法通过B超诊断，要采取彩超检查，通过彩超可发现双侧肾脏会出现很多暗区。另外，还可以通过CT检查，CT检查多囊肾准确率非常高，是诊断多囊肾有效的方法，可以清楚地观察多囊肾的情况。
多囊肾的患者大多数都合并有肾脏损害，因此实验室检查也必不可少，通过检查肾功能，可发现血肌酐是否异常升高。通过检查尿常规，可以发现有没有尿中红细胞或者是蛋白的情况。
多囊肾除了辅助检查以外，还要结合有无家族病史来确诊。