做羊水穿刺的具体位置，需要根据怀孕的孕周来确定。一般是子宫底下方2-3横指处的中线，或两侧选择囊性感，明显部位作为穿刺点。穿刺前可先行胎盘及羊水暗区，定位标记后操作，穿刺时尽量避开胎盘。
在羊水量相对较多的暗区进行，也可在超声引导下直接穿刺。穿刺过程中应严格无菌操作，以防感染。穿刺前应查明胎盘位置，勿伤及胎盘。穿刺与拔针前后，应注意孕妇有无呼吸困难、发绀等异常，警惕羊水栓塞的发生。
如果出现发烧、有急性生殖道炎症、各种疾病的急性期、心、肝、肾疾病在活动期或功能严重异常，不能做羊水穿刺。