治疗直肠重复畸形的手术方式有，关闭畸形直肠的近端、切除重复畸形的肠管、剥离重复畸形肠管的粘膜。术后可能出现的并发症有：
一、是出血，术后可能因粘膜水肿导致缝合处出血。如果出血量较少，可使用止血药物保守治疗。如果出血量多，则还应进行手术止血。
二、是畸形直肠还有功能，患者腹痛、腹胀、便血等肠梗阻症状无明显缓解，需要二次手术治疗。
三、是直肠狭窄，闭合的重复畸形的肠腔在直肠内形成瘢痕，导致直肠腔狭窄，患者仍排便困难，大便变形，必要时可考虑使用手术进行二次扩张。