需要打麻醉。急性颅骨骨髓炎由于需要彻底清创，去除伤口内的异物，失去活力的骨片及引流脓液，去除失活的组织。因此应该在全身麻醉下进行彻底清创。
慢性期颅骨骨髓炎需要切除窦道及感染性肉芽组织。祛除死骨，咬掉感染的骨质，直至正常颅骨组织为止。术中以抗生素溶液反复冲洗。部分缝合头皮伤口，皮下引流。
若合并硬膜下脓肿及脑内脓肿，应同时引流处理。这种大范围的清创缝合，也需要在全身麻醉下进行。否则因患者难以配合，而使手术不能顺利进行。