肺炎支原体感染，经呼吸道飞沫传播。吸入呼吸道后肺炎支原体，杆状一端的细胞器内的黏附蛋白与呼吸道纤毛上皮细胞上的糖蛋白受体相结合，随后发生纤毛的停滞，病原体释放过氧化剂及其他超氧基团造成上皮细胞破坏。
首次感染后肺炎支原体后，支原体可在呼吸道粘膜内形成常驻时间达数月，免疫力低下的患者甚至可达数年，患者成为正常的携带者。
但是这种粘膜内的常住很少侵及粘膜以下，但在免疫抑制患者或者是免疫力下降时，肺炎支原体可进入粘膜下或血流并播散至其他器官，引起机体支原体感染。