日本血吸虫病的诊断依据，在临床上包括病原学诊断和免疫学诊断。
病原学诊断主要是从患者的大便中进行检查，如果检查到有血吸虫虫卵和毛蚴，以及直肠粘膜活体病理组织检查出虫卵，可以明确诊断血吸虫病，常用的检查方法主要包括改良加藤法、塑料杯顶管孵化法、尼龙袋集卵孵化法等。
免疫学诊断方法主要是根据患者血清中抗体、抗原以及免疫复合物等情况来进行疾病的诊断，临床常用方法主要包括酶联免疫吸附试验、间接红细胞凝集试验、胶体染料试纸条法、斑点金免疫渗滤试验等。