肥厚型心肌病的诊断，需要结合患者的病史，体格检查，心脏彩超，以及心脏磁共振和基因筛查来综合判断。
肥厚型心肌病患者在早期的时候，主要是出现劳力性呼吸困难、乏力、劳力性的胸痛。心脏彩超的检查，会发现室间隔的厚度高达15毫米，心室不对称肥厚，没有心室腔的增大。
心脏磁共振能够清楚的显示，心室病局限性和普遍性的肥厚。对于梗阻性的肥厚性心肌病，可以看到左心室流出道狭窄，二尖瓣前叶收缩期前移。如果患者有家族史，通过基因检查也有助于明确遗传学的异常等。