阴茎结核的病因主要是阴茎直接接触感染结核杆菌而造成的。阴茎结核可以发生在阴茎的表皮，也可以在阴茎海绵体内或者是在尿道内。
其发病机理如下:
第一、接触感染。主要是阴茎直接接触结核杆菌或泌尿生殖系统结核蔓延所引起。如通过性接触女性阴道、宫颈的结核病变或接触污染的衣物等，均可引起阴茎结核。
第二、直接蔓延。主要是由于自身泌尿系统结核的扩展，其病变穿破尿道使阴茎受累，继发引阴茎结核。
三、血腥传播。有人认为原发病灶的结核杆菌进入血内，随着血流播散到阴茎部，继发结核，主要是阴茎海绵体。病变部位多于阴茎头、阴茎系带或尿道外口。