肛周脓肿术后有可能会形成肛瘘，但并不是所有的肛周脓肿都会形成肛瘘。
如果肛周脓肿做了根治性的手术，在手术过程中找到内口，把内口打开，清除脓腔内的坏死组织，伤口消毒换药，大多数情况下不会发展成肛瘘。也有些患者做了肛周脓肿切开引流术，也不会形成肛瘘。但大多数的肛周脓肿，如果单纯是行肛周脓肿切开排脓术，一般会形成肛瘘，需要做肛瘘手术才可以完全治愈。
所以，肛周脓肿的患者最好选择一次性根治手术，以免手术后形成肛瘘需要再次手术，对身体造成二次损伤。