黏液脓血便大部分是比较严重的肠道炎症，应该给予积极的抗炎治疗。黏液脓血便最常见的就是细菌性痢疾、急性肠炎，或者是慢性乙状结肠炎急性发作。
通常可以做大便常规来帮助明确诊断，而大便培养和药敏学试验，更加可以明确具体感染的细菌类型以及敏感的抗生素。如果大便常规发现有大量的红细胞和白细胞，即可以诊断。可以给予喹诺酮类的抗生素进行对症治疗，以静脉输液为佳，口服效果相对稍微差一点。
不过也要注意，如果是儿童患者是不能够用喹诺酮抗生素，可以使用第2代头孢菌素静脉输液进行治疗。