治疗肾病综合征的药物往往依据的是患者的临床表现和病理类型，通常肾病综合征都有不同程度水肿，因此要小剂量的使用利尿剂，如果水肿消退不明显的情况下，可以逐渐加大利尿剂。
另外，有些肾病综合征患者合并有血压升高，所以应当使用降压药物进行血压的控制，首选的药物是血管紧张素转换酶抑制剂或者血管紧张素受体拮抗剂。如果血压控制不理想的情况下，还可以联合应用其它类型降压药物。肾病综合征多伴有不同程度高脂血症，所以要根据血脂不同类型来选择不同的降脂药物。
除此以外，肾病综合症由于有大量蛋白尿、低蛋白血症，所以需要使用糖皮质激素，甚至需要联合应用其他类型的免疫抑制剂。当然，为了预防血栓和栓塞的并发症，建议使用抗凝和抗血小板聚集的药物。