器质性性功能障碍治疗难度相对较大，其治疗效果取决于诱发疾病的治疗难易程度。
常见的器质性疾病包括全身性的慢性疾病、生殖系统先天性畸形、内分泌系统疾病等，需要进行一个全面的检查，明确具体的疾病诱因，再针对性的制定适宜的治疗方案，通过规范治疗最大限度的提高性能力。
针对全身性慢性疾病，可能需要长时间基础药物应用，维持病情稳定，从而有效提高性功能，而生殖器畸形的异常还需要结合畸形的部位、畸形的类型等，必要时候需要手术矫形处理，术后最大限度的恢复生殖系统的外观，促使性功能的提高。