肺炎支原体感染大部分发生在老人和儿童中，由于免疫力低下所以不推荐采用中药治疗，因此，如果是这一类人群感染肺炎支原体，是不能使用中药进行治疗的。
肺炎支原体大部分以抗生素为主的抗感染治疗，支原体对大环内酯类抗生素敏感，应该采用这一类抗生素进行后期治疗。不过在治疗中如果出现支原体感染扩散、情加重，出现发热则应该立即采取静脉注射抗菌药物。
另外，中药治疗大部分见于支原体的转移性感染，例如消化道或泌尿系统的支原体转移性感染，这时利用中药治疗通过抑制支原体的生长来控制其感染范围。