直肠肛管疾病术后会可能出现并发症，主要有出血、水肿、尿潴留、感染、伤口不愈合、肛门直肠狭窄、肛门失禁。
因为直肠肛管局部神经丰富，术后创伤面可能血管出血，必须要做好填塞，压迫止血，由局部注硬化剂容易出现水肿。
手术过程中，由于刺激肛门牵拉和疼痛，尿道和膀胱出现痉挛，导致尿潴留。手术如果消毒不充分，局部处理不当有可能会引起感染。也有的患者会可能导致便秘或者伤口出现不愈合。另外，也有可能导致肛门直肠内狭窄、肛门失禁。