感染小袋纤毛虫病的患者要注意避免饮用不卫生的水，要喝纯净水或者是经过高温消毒的水，防止感染寄生虫，不要进食变质的食物或者是可能被寄生虫包囊污染的食物，要对食物进行高温蒸煮。
小袋纤毛虫病可以导致患者出现消化系统的症状，比如腹痛、腹泻，所以发病后要注意避免进食辛辣等刺激性的食物，也要限制高脂肪类食物的摄入，避免对肠道造成刺激，减轻肠道的负担。
发病期间要给予清淡饮食，给予高热量、高蛋白质的食物，增加患者的抵抗力。