结肠炎吃什么药并不固定，根据不同的病因，治疗不一样。包括抗生素、调节肠道益生菌群药物、免疫抑制剂以及水杨酸等药物。
临床上按病因不同可分为细菌性结肠炎、溃疡性结肠炎、肠结核、缺血性结肠炎等。例如细菌性结肠炎，可有发热、腹痛、腹泻，甚至脓血便等症状，可以根据感染细菌的种类，选择抗生素抗感染治疗，以及对症支持治疗。
另外，溃疡性结肠炎，可有腹泻、腹痛、黏液血便、便秘、发热以及肠外表现。治疗上主要是根据病情采用激素、免疫抑制剂、水杨酸类等药物治疗。