患者在早上出现小便时疼痛的原因，需要结合患者的具体情况综合分析后判断。
如果患者只是在早上排尿时才出现疼痛的症状，则可能是由于尿道结石，或其他原因导致尿道损伤。早上排出的尿液浓度较高，且在膀胱内储存的时间较长，流经尿道损伤处时对其刺激较强，就会引起排尿疼痛的症状。而后续排出的尿液刺激性较弱，所以患者常无明显症状。
如果患者一直存在排尿疼痛的症状，则可能是发生尿道炎症。此时尿道黏膜会出现炎性水肿、糜烂，所以在排尿时就会出现疼痛的症状。
建议患者到泌尿外科就诊，完善尿常规检查以明确病因，并针对病因予以积极治疗。同时，需要避免进食辛辣食物，多饮白开水。