龟头疼痛、流脓，一般考虑是由于尿道口受致病菌感染，引起尿道口和尿道组织发炎导致。通常会伴随着尿道口分泌物颜色发黄，质地黏稠，并且有异味。
另外，龟头囊肿会引起龟头肿胀，这时容易压迫龟头尿道处，引起龟头分泌物增多，此时也会导致龟头疼痛、流脓。
龟头疼痛流脓，需要积极服用阿莫西林胶囊，或者阿奇霉素颗粒等消炎类药物治疗。否则容易诱发上尿路感染，导致人出现尿频、尿痛等不适症状，影响人正常排尿和射精。