核酸检测首次阴性，第2次为阳性的原因。很可能是第1次检测为假阴性，或者是患者在第2次检测前受到了新型冠状病毒的感染。
新型冠状病毒核酸检测受采样操作方法的影响，会有30%左右的假阴性概率。所以对于高度疑似新型冠状病毒肺炎感染的患者，要进行2次及以上的核酸检测。新型冠状病毒核酸标本采集，目前临床上多采集口咽拭子。
如果患者在发病早期甚至是潜伏期，咽部排出的病毒量较少，如果没有采集到含有病毒的分泌物就无法检出，所以多次检测可以提高阳性率。如果患者2次检测间隔时间较久，也可能是在第2次检测前感染了病毒。