肾盂肾炎需要与以下几种疾病相区分：
1.尿道综合征：该病好发于中年女性，虽然这两种病都有类似的临床症状，但是尿道综合征的患者没有出现真性细菌尿，但是可以出现尿频、尿急、尿痛，需要排除其它疾病才可以确诊。
2.急性膀胱炎：该病的主要临床症状与肾盂肾炎类似，但患者一般没有腰痛，同时也没有肾区叩痛，一般全身症状较轻。
3.肾结核：肾结核的膀胱刺激症状更加明显，一般的抗生素治疗无效，尿培养可以找到结核杆菌，静脉肾盂造影可以发现结核患者的肾实质有虫蚀样的缺损。