颅骨修复手术以后可能会发生后遗症，具体包括以下几个方面：
1.在手术操作过程当中，可能对脑组织有损伤，而导致局部的瘢痕形成，引起术后可能发生反复癫痫发作。
2.术后因为颞肌的萎缩或者是修补材料对颞肌的卡压，而形成局部颞肌形态不饱满，外观上与健侧存在明显差异。
3.在手术头皮分离的过程中头皮分离较薄、破溃或者是头皮局部的感染，可能导致颅骨修补材料长期外露发生。
4.可能是因为颅骨修补材料的异物反应，而引起长期的头皮下积液或者是手术切口难以愈合。
5.对于颅骨修补以后所形成的后遗症状，需要根据不同的原因、后果而采取不同的处理方式。