宝宝脚底真菌感染可以通过激素软膏的方式治疗，如果患者有明显的局部糜烂症状，可以使用糖皮质类激素软膏治疗。
如果患者有慢性角化的症状，需要采用抗真菌的药物医治，同时使用软化角质层的软膏缓解症状，能帮助抗真菌药物吸收。如果宝宝的脚底真菌感染不断加重，出现瘙痒症状，可以口服抗组胺类药物缓解，同时服用抗生素药物医治。
在宝宝治疗期间，还要注意局部的清洁和卫生。如果家里有足癣的患者，不要和患者同时使用衣服或者穿同样的鞋子，避免互相传染。