继发性癫痫和特发性癫痫最明显的不同之处是它们发生癫痫的病因不一样，继发性癫痫往往有明确的脑卒中、脑肿瘤、脑炎的病史，而且这些疾病和癫痫的发作有因果关系。
特发性癫痫是指在即使做了各种检查，也没有找到癫痫明确的病因的这一类癫痫，大部分癫痫患者都是这一类，其次是它们的治疗方式也不一样，继发性癫痫的治疗主要是去除诱发癫痫的病因，以治疗原发病为主。
比如：脑卒中的患者要积极的治疗脑梗死和脑出血；脑肿瘤的患者要进行手术治疗，把肿瘤的病灶切除掉；脑炎的患者要积极的治疗脑炎，减少脑炎导致的脑组织坏死的范围；而特发性癫痫的治疗，主要是联合应用各种抗癫痫药物，控制癫痫症状的发作。