新生儿先天性心脏病主要跟胎儿发育中病毒感染、早产、孕妇年龄等原因有关。胎儿在母亲体内生长发育过程中，如果出现感染最常见的有风疹、单纯疱疹病毒、巨细胞、弓形虫等，在胎儿心脏发育早期容易产生心脏的畸形而导致先天性心脏病的出现。
在母亲怀孕期间，经常接触放射性的射线也是会对胎儿产生伤害，尤其是早期胎儿发育对电射线等更加敏感，不注意适当的预防和防护，也容易造成新生儿先天性心脏病的产生。
临床中研究发现胎儿出生过早，早产的时间越提前，发生先天性心脏病的几率就会越高，尽量注意休息、合理的营养、科学的孕检，预防早产儿的出现。同时备孕也要提前做父母双方遗传基因的筛查。