梅克尔憩室手术的方法还是主张不切除正常的肠子，只进行单纯的憩室的切除，切除的方法有楔形切除以及荷包缝合术，切除憩室之后将正常的肠道端对端进行吻合。这种手术技术成熟、预后良好，患者术后就可以痊愈。
但是，有部分患者因为没有及时治疗，引起憩室炎，以及引起肠套叠，严重的会出现肠穿孔、肠坏死等。
还有的患者憩室的基底部非常地宽、大，超过正常的肠管，这些情况就不能单纯地进行憩室切除了，需要连同部分病变的肠管一同切除，然后再进行肠吻合手术。严重的情况可能还需要进行肠造瘘，三个月后再行第二期的肠吻合手术。